È la struttura operativa essenziale di  A21Laghi, impegnata a dare concreta attuazione agli indirizzi definiti nel Forum ed approvati dai Comuni aderenti. La partecipazione è su base volontaria, anche se si chiede di impegnarsi in modo continuativo per garantire efficacia ed efficienza di funzionamento e convinta condivisione delle decisioni assunte.
Ogni Comune aderente nomina un proprio delegato a rappresentarlo in segreteria tecnica, referente principale del Comune per tutte le attività svolte da Agenda21Laghi.
La segreteria tecnica si avvale per l'attuazione delle decisioni delle funzioni amministrative del Comune capofila, per quanto riguarda la gestione del bilancio, l'assegnazione degli incarichi professionali e le attività di segreteria.
Gli incontri della segreteria sono convocati tramite:

• pubblicazione di avviso sul sito;
• avviso email agli abituali partecipanti.

Di ogni incontro di segreteria tecnica è redatto un verbale inviato ai partecipanti e, per conoscenza, ai Comuni aderenti.